Scavata nel tufo probabilmente tra l’VIII e il X secolo, è la chiesa rupestre più interessante del territorio e si affaccia direttamente sulla Gravina. Anticipata da una serie di grotte, che nel corso dei secoli avranno sicuramente svolto più funzioni, la chiesa vera e propria ha pianta quadrangolare a cinque navate, sorretta da 14 pilastri in pietra naturale. Secondo la leggenda, in una delle grotte si consumò l’eccidio dei gravinési da parte dei Saraceni durante la terza incursione nel 999, evento ricordato da un’epigrafe posta sulla parete della stessa grotta. Tuttavia, i teschi e le ossa umane presenti oggi più probabilmente appartengono a cadaveri traslati qui nel corso del XVII e del XVIII secolo. È probabile, infatti, che quando la chiesa fu sconsacrata, fu adibita a cimitero e questo spiegherebbe l’enorme quantità di ossa rinvenute.

La chiesa conserva parti residue di affreschi (uno con un grande Cristo Pantocratore tra i santi Paolo e Michele) e tre altari con le tre statue in pietra e gesso, seicentesche e settecentesche, dei tre arcangeli, oltre una tomba medievale ad arcosolio. Chiusa al culto, il giorno 8 Maggio di ogni anno è luogo della celebrazione della Festa di San Michele delle Grotte a ricordo della leggendaria apparizione del Santo in una grotta di Monte Sant’Angelo.

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